محل دبیرخانه توسط شورای راهبردی تعیین می گردد. در حال حاضر دبیرخانه شبکه پزشکی مولکولی در بخش بیوتکنولوژی انستیتو پاستور ایران واقع شده است.
دبیر: توسط رئیس شبکه انتخاب می شود.
وظایف و اختیارات دبیر توسط رئیس شبکه تعیین و به او ابلاغ خواهد شد.